Zgodnie z linią interpretacyjną organów podatkowych, o ile wola i zachowanie przedsiębiorcy wskazywała, iż zamierza on występować w roli czynnego podatnika VAT – mimo, że nie dopełnił formalnych wymagań - to w stosunku do poczynionych przed rejestracją czynności opodatkowanych powstaje prawo do odliczenia podatku naliczonego.
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego o ile zakupione przez podatnika towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Musi więc istnieć ścisły związek pomiędzy zakupem a prowadzoną działalnością gospodarczą.
Za przejaw zamiaru występowania w roli czynnego podatnika VAT uznaje się:
1. prowadzenie rejestracji sprzedaży dla celów rozliczenia podatku,
2. składanie deklaracji VAT-7 oraz pliku JPK-VAT w ustawowych terminach,
3. wykazywanie podatku należnego w złożonych deklaracjach,
4. wystawianie faktur przez podatnika.
Aby skorzystać z powstałego prawa do odliczenia podatku naliczonego, należy złożyć zgłoszenie rejestracyjne VAT-R, ze wskazaną, faktyczną datą rozpoczęcia działalności gospodarczej. Przy czym wsteczna data rejestracji powinna odpowiadać, pierwszemu okresowi rozliczeniowemu, za który złożono deklarację VAT. Dopiero po usunięciu tej przesłanki negatywnej podatnik będzie mógł skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego. Prawo do odliczenia przysługuje o ile nie wystąpią przesłanki wyłączające z art. 88 ustawy o VAT.